Home Up Contents

Bioinformatica
 

The Origin
Bioinformatica

 
Tijdens mijn biologie opleiding in Wageningen is het mij opgevallen dat 
voor veel moleculair biologisch onderzoek gedegen voorstudie 
met bioinformatica tools en literatuuronderzoek een hoop 
langdurig en duur laboratoriumwerk kan besparen.
Daarom heb ik mijzelf meer toegelegd op de bioinformatica;
Zo heb ik een stage gelopen bij de Bork groep van het EMBL in Heidelberg, 
en meegewerkt aan de annotatie van het eerste "Nederlandse" Genoom,
dat van de melkzuurbacterie Lactobacillus plantarum. 
Hieronder enkele handige bioinformatica links:
 
  • Psi Blast                                                Search tool for homology of genes.
  • String                Identifies conserved gene neighborhood, for annotation.
  • KEGG          Shows metabolic maps; complete with proteins and genes.
  • COG                           Groups of similar genes are well described here.
  • Pubmed                                                      Search for relevant literature.
  • EMBOSS         A set of very powerful software tools for bioinformatics.
  • L. Plantarum    The first Dutch Genome Sequence! I helped annotating it!

De annotatie van een nieuw bacterieel genoom

 kan relatief snel en vakkundig worden gedaan op de volgende manier:
 

  1. de gebruikelijke voorspelling van waarschijnlijke genen, bijvoorbeeld door Glimmer.
  2. de voorspelling van andere relevante DNA sequenties, zoals stemloops
    (kan bijvoorbeeld met EMBOSS).
  3. Automatische genannotatie waarbij we sequenties vergelijken met pfam en cog.
  4. Identificatie van homologe gequenties in het genoom
    (zodat die door dezelfde annotator kunnen worden geannoteerd).
  5. Het zichtbaar maken van het genoom (artemis) zodat operons kunnen worden geїdentificeerd (stemloops!). Een operon moet door een annotator worden bekeken (dus niet verdelen).
  6. Annoteurs kunnen nu per operon, wellicht zelfs per metabolische route genen gaan annoteren en de resultaten verwerken waarbij de waarschijnlijkheid van de voorspelde functie en andere relevante zaken worden aangegeven.
    Bij L.plantarum werd hiervoor een access database gebruikt.

 

 

 

Send mail to penninkhof@gmail.com with questions or comments about this web site.
Copyright 2005 Evomind